影響物流運輸成本居高不下的因素很多，其中有人的因素，如專業人員缺乏，戰略成本意識和全員成本意識的不足等；有技術層面的因素，如運輸技術裝備的落后、先進的管理技術手段和管理信息系統不夠普及、運輸規劃不科學等；有制度方面的原因，成本的核算、考核制度的不健全等；也有政策層面的原因，如運輸資源的重復投.資、重復建設，造成資源的無謂浪費，綜合運輸規劃不合理等。
由于物流功能要素之間存在效益悖反，物流其他功能要素對運輸成本的降低也起到重要的影響。如為了降低運輸成本，組織大規模運輸、成組運輸、大批量、少批次運輸有利于節約運輸成本，但這無疑會增加物流的倉儲成本，造成企業資金積壓，不利于資金的快.速循環和周轉，增加財務成本。反之，為降低倉儲成本，企業可以采用“零庫存”等先進的生產和管理理念，把庫存的壓力轉嫁給運輸、配送、生產環節，采用多批次、小批量的采購模式，在降低庫存成本的同時，必然會增加運輸成本。
影響運輸成本的因素是多樣化、綜合性的，這就要求對運輸成本的分析要采用系統的觀點，進行綜合分析。在控制物流運輸成本的過程中，也要進行綜合治理，多管齊下。